重磅！这个生信神器助你文章秒出图——miRNA与基因互作数据库

在特定情况下，我们很熟悉，microRNA（miRNA）基因表达可以直接或间接激活和抑制。然而，没有基于多组学的数据库来证明系统数据可以转换激活和抑制以及正常与癌症状态的相互作用模式。今天，我们推荐一个数据库miractDB(mirna与基因相互作用的数据库)，可以为注释mirna与基因关系提供一个通用平台。MiRactDB涵盖TCGA、CCLE和GTEx数据库中的数据，全面研究了MiRNA与基因的相互作用及其在肿瘤和正常情况下跨组织的生物学影响。

MiractDB为癌症和基因组学术界提供了独特的资源，可以在正常和癌症患者的不同样本数据中筛选，确定优先级和合理化Mirna与基因相互作用的候选人。而且可能有一小部分重要的miRNA，可以深刻影响各种癌症的标志性过程。我相信这个数据库将对MIRNA和基因功能研究和生物信息分析研究者提供巨大的帮助。

miractDB网站：

https://ccsm.uth.edu/miRactDB

1.点击链接进入miractDB网站首页

2.输入要研究的miRNA和基因名称，我们将研究has-mir-以IGF2483的相关性为例。

3.点击Search，我们可以获得mirna和基因之间的相关性。红色代表正相关，绿色代表负相关，灰色代表无相关。

4.点击左侧的miRNA蓝色链接，我们可以获得很多关于输入miRNA和基因的详细信息，包括:MiRNA结合位、MiRNA在不同癌症中的表达、输入基因IGF2的表达、MiRNA与基因的相关性、跨基因位点的超级增强子评分、MiRNA的临床意义、输入研究基因的临床意义、与MiRNA相关的药物、与MiRNA相关的药物、与MiRNA相关的疾病、基因相关的疾病等。可谓非常全面。

1)MiRNA总结该模块显示了显著相关的MiRNA信息。除了显示MiRNA的基本信息外，它还显示了TCGA癌症中不同相关模式的基因列表。我们还可以点击第一行蓝色链接，直接进入pubmed官方网站，检索当前MiRNA和所选基因的相关研究。

网站也可以根据Entrez的直接测定方法进行测定（IDA）推断基因参与的细胞功能。

2)筛选miRNA的组合点

IGF2上的hsa也可以得到-mir-483结合点(启动子，CDS和3'UTR）有哪些。该网站从GENCODE(版本30)下载了所有基因的编码序列（CDS，n = 20358)提取每个基因的TSS±2kb区域序列。从TargetScanHuman v7.2（miR_Family_Infor.txt）下载miRNA家庭信息，提取智人（n = 2064)数据记录。然后通过targetscan提供的开放工具targetscan.PL扫描了所有基因的CDS和启动子区域中每个miRNA的潜在组合点。对MiRNA家族信息进行扫描分析，并将这些家族映射到相关的单个MiRNA上。

3)MiRNA表达类别提供了不同于正常样本的MiRNA表达水平的MiRNA分析，我们可以观察30多种癌症和正常组织中选择的MiRNA和基因的表达。

4)基因表达不仅可以观察miRNA的表达，还可以提供与正常样品具有不同基因表达水平的样品之间的基因分析。

5）miRNA-基因相关性

hsa-mir-MiRNA基因相关性研究483与IGF2之间

从TCGA数据门户网站（https://portal.gdc.cancer.gov/)下载miRNA每个癌症患者的基因表达数据和生存信息。由于样本量小或平台不一致，网站排除了FPP、GBM和三种癌症LAML。数据库结构最终由1046个miRNA和20531个基因组成，基于31种TCGA癌症类型的8375个患者样本，包括21、475和462个miRNA基因对。并计算了每个miRNA基因对Spearman的相关性(log2转换)，并将显著性标准设置为| R |> 0.1，Hochberg调整的p值<0.05。用户可以一键进行癌症分析。

散点图采用不同的正常组织数据绘制，其中miRNA与基因表达值之间有回归线，以显示相关性。

跨人类癌细胞系（CCLE，Spearman）MiRNA基因表达相关性：

6)跨基因位点的超级增强子评分数据库利用改进的ROSE管研究了围绕每个MIRNA和基因TSS的超级增强子的概况。研究了ENCODE跨越15个人体组织的64个样本，量化了每个MIRNA和基因区域H3K27ac的ChIP-SEQ信号强度，计算了所有MIRNA和基因的超级增强子得分，并用条形图绘制了每个MIRNA /基因(跨样品)，因此我们可以获得丰富的超增强子评分图。

7)这个miRNA的临床意义

该模块将根据每种癌症类型的MIRNA表达水平对患者的生存数据进行研究，并使用基于MIRNA表达的对数秩检查进行生存分析，反映HSA-mir-483和IGF2的临床意义。

8)与该基因相关的药物

该表提供了经批准的小分子药物信息，包括药物的名称、编号、研究方法、实验条件、年份、基因调节方法等。

9)与该基因相关的疾病

该网站还将提供与miRNA基因相关的疾病信息，不仅显示pubmed相关疾病的研究文章数量，还显示数据源。

miractDB是一个全面分析mirna和基因相互作用的网站，深入研究和讨论了表观遗传的机制，包括基因编码序列的识别（CDS）MiRNA组合点在启动子区域。与CCLE和GTEx完全不同的是，TCGA肿瘤和相邻正常样品所预测的生物学过程。但预测靶向CDS与启动子区域最活跃的miRNA高度相似。相邻的正常组织可能已经转化为致癌分子，直到表型和组织学发生变化。而且可能有一小部分重要的miRNA，可以深刻影响各种癌症的标志性过程。这个数据库分析30多种癌症只需要几秒钟，不需要编程代码。对于正在进行生物信息分析的研究人员来说，这是一个快速写作的绝佳工具。同时，它还可以快速筛选目标基因进行实验研究。快速分享收藏！